При обнаружении недостачи после инвентаризации запасов:

Можно удержать сумму недостачи за счет виновного лица. Для этого, на основании создается документ списания запасов:

В списании, вместо счета расходов указать счет 1254 и субконто к нему ответственное лицо:

В ОСВ 1254 будет видна сумма списания:

Далее, для удержания из зарплаты этой суммы, нужно сделать документ разового удержания, в котором установить необходимые настройки:

После расчета зарплаты, в отражении будет проводка по удержанию, среди прочих:

И в ОСВ 1254 сумма будет закрыта: