Для того что бы проверить почему не рассчитывается средняя заработная плата нужно будет сделать следующую проверку:

Перед расчетом отпуска нужно будет пройти в выбранный вид начисления и проверить какие виды расчета указаны для расчета среднего заработка. 

Вкладка прочее показывает какие начисления используются. Если в списке вы не нашли необходимый вид нужно его добавить в список.

После выбора необходимых начислений, записать и закрыть.

Далее в документе начисления заработной платы выбираем сотрудника, устанавливаем период отпуска, выбираем вид начисления и проходим в расчет среднего заработка.

В новом окне нажимаем кнопку расчета.

Расчет среднего заработка для начисления отпускных произведен.